Protel99SE提供了模拟/数字混合仿真，其仿真引擎使用伯克利分校的SPICE3f5/xspice，它可以精确的仿真由各种元器件构成的电路。对于复杂的数字器件，Protel99SE允许使用一种特殊的描述性语言(Digital SimCode),设计者可通过它建立相应的数字器件模型，以供Protel99SE仿真使用。它所执行的分析功能有：

(1)静态工作点分析(Operating Point):
静态工作点分析可用于分析直流稳态电路和交流放大电路的静态工作点。选择合适的静态工作点是交流放大电路进行正常工作的前提。

(2)直流扫描分析(DCS)：
直流扫描分析是直流转移特性分析，允许设置两个扫描变量，通常第一个扫描变量(主独立源)所覆盖的区间是内循环，第二个扫描变量(次独立源)扫描区间为外循环。

(3)交流小信号分析(AC Small Signal):
交流小信号分析是一种线性领域分析，仿真程序将首先分析计算电路的直流工作点，以确定电路中非线性元件的线性化模型参数，然后在设计者指定的频率范围内，对变换后的线性化电路进行频率扫描分析。

(4)瞬态分析(Transient Analysis):
瞬态分析是一种非线性时域分析方法，它可以在给定激励信号(或无任何激励)的条件下，计算电路的时域响应。它类似于利用示波器观察各节点电压或电流的波形。瞬态分析时，电路的初始状态允许设计者自行指定。

(5)温度扫描分析(Temperature Sweep):
温度扫描分析是指在一定温度范围内进行电路参数计算，从而确定温度漂移等性能指标。它不能单独使用，必须在瞬态分析、直流扫描分析或交流小信号分析时，才允许使用温度扫描分析。

(6)傅立叶分析(Fourier Analysis):
傅立叶分析是在大信号正弦瞬态分析时，对输出的最后一个周期波形进行谐波分析。一个周期为T的函数g(t).

(7)噪声分析(NOISE)：
噪声分析可通过绘制噪声谱密度图，以确定电阻噪声和半导体噪声对噪声特性的影响。噪声谱密度按每赫兹噪声强度绘制，系统能够计算下列噪声：输入噪声、输出噪声和器件噪声。

(8)传递函数分析(Transfer Function)：
传递函数分析是在直流工作点的基础上，在电路直流偏置附近将电路线性化，从而计算电路的输入阻抗，输出阻抗以及直流增益。

(9)蒙特卡罗分析(Monte Carlo)：
蒙特卡罗分析是一种统计模拟方式，它是在给定电路元器件参数容差的统计分布规律的条件下，用一组组伪随机数求得元件参数的随机抽样序列。对这些随机抽样的电路进行直流、交流小信号、瞬态分析，并通过多次分析的结果估算出电路性能的统计分布规律以及电路的合格率、成本等等。

(10)参数扫描分析(Parameter Sweep):
参数扫描分析允许设计者在指定的范围内，以自定义的增幅扫描元件的参数值，它可以与其它分析方法配合起来使用，对电路所执行的分析进行参数扫描，对于研究电路参数变化对电路特性的影响提供了很大的方便。

另外，Protel99SE还可以方便对波形进行多种函数运算，如：求平方、正弦、对数、导数、反相等。